林芝已知哺乳类动物有7目、20科、60属、94种；鸟类动物有18目、47科、174属、315种；爬行类动物有43种，两栖类动物有32种；鱼类4科15属24种；昆虫有2322种。各种野生动物依其自身生态习性分布于各地不同的生境。

一、鸟类

黑鹳：国家一级保护动物，多见于察隅境内海拔3800～4000米的河湖边。

赤麻鸭：国家二级保护动物，生活在湖泊、江河等水域，栖息地海拔2600～5000米。

鸢：国家二级保护动物，栖息地海拔3000～5200米，多成对翱翔或集小群飞行，活动在旷野及偏远河谷地。

栗鸢：国家二级保护动物，多活动于湖泊、江河及湿地。

苍鹰：国家二级保护动物，多活动于针叶林或针阔混交林上空翱翔，栖息地海拔2400米以上。

雀鹰：国家二级保护动物，多见于工布江达、林芝、易贡、朗县一带，喜生活在森林地带，栖息地海拔2500～4400米。

松雀鹰：国家二级保护动物，栖息地海拔2500～4500米，喜生活于森林及稀树草原地带。

普通鵟：国家二级保护动物，喜生活于高山森林地带，常落在大树、巨石上休息。

白眼鹰：国家二级保护动物，栖息地海拔2000～4500米，常在开阔的落叶林、稀林草原地带单独活动，墨脱、察隅、林芝、波密、米林、朗县有分胡兀鹫：国家一级保护动物，栖息地海拔3000～5200米，喜栖于高山裸岩地带。

蛇雕：国家二级保护动物，栖息地海拔1000～3200米，栖于林木葱郁的沟壑、河谷地带。察隅、波密、林芝、墨脱有分布。

隼：国家二级保护动物，栖息地海拔2000～4000米，冬候鸟，活动于开阔农田、草甸地带。

斑尾榛鸡：国家一级保护动物，栖息地海拔3000～4200米，栖于山地森林及阔叶林灌丛地带。

藏雪鸡：国家二级保护动物，栖息地海拔3500～5500米，栖于高山裸岩、灌丛、草甸地带。

雉鹑：国家一级保护动物，栖息地海拔2800～4500米，栖于针阔混交林、杜鹃灌丛、林缘上限。波密、林芝、米林、朗县有分布。

血雉：国家二级保护动物，栖息地海拔2300～4200米，栖于针阔混交林、针叶林、杜鹃灌丛地带。

灰腹角雉：国家一级保护动物，栖息地海拔1800～3300米，栖于亚热带常绿阔叶林、针阔混交林。察隅、墨脱有分布。

红腹角雉：国家二级保护动物，栖息地海拔2200～3200米，栖于常绿阔叶林上缘至针阔混交林地带。察隅、墨脱、波密、林芝有分布。

棕尾虹雉：国家一级保护动物，栖息地海拔2500～4600米，栖于针阔混交林、针叶林、灌从地带。林芝、波密、察隅、墨脱有分布。另有绿尾虹雉、白尾梢虹雉也是国家二级保护动物。

藏马鸡：国家二级保护动物，栖息地海拔3000～4500米，栖于灌丛地带。

黑鹇：国家二级保护动物，栖息地海拔2000～3200米，栖于阔叶林、林间灌丛。察隅、波密、墨脱有分布。

勺鸡：国家二级保护动物，栖息地海拔2000～3500米，栖于山地针阔混交林、灌丛地带。察隅、墨脱有分布。

雉鸡：国家二级保护动物，栖息地海拔2500～3800米，栖于山地灌丛、林缘、河谷滩涂地带。察隅、黑脱有分布。

白腹锦鸡：国家二级保护动物，栖于灌丛、箭竹丛阔叶林地带。波密、察隅有分布。另有红腹锦鸡也是国家二级保护动物。

孔雀雉：国家一级保护动物，栖于2200米以下亚热带山地森林。墨脱、察隅有分布。  

黑颈鹤：国家一级保护动物，栖息地海拔3500～5200米，栖于高原湖泊、沼泽。

棕背田鸡：国家二级保护动物，栖于2500米以下的林中湿地、小溪、稻田旁。

绯胸鹦鹉：国家二级保护动物，栖于2000～3600米的针叶林、针阔混交林内。林芝、波密、米林、察隅、墨脱有分布。有2个种。

斑头鸺鹃：国家二级保护动物，栖于热带常绿阔叶林中，墨脱、察隅有分布。

灰林鹄：国家二级保护动物，栖于3000～3500米的阔叶林、针阔混交林中。

短耳鹄：国家二级保护动物，栖于800～2500米的低山稀疏林内，察隅、墨脱有分布。

棕颈犀鸟：国家二级保护动物，栖于1500米以下的热带、亚热带常绿阔叶林，墨脱有分布。

双角犀鸟：国家二级保护动物，栖于1200米以下的热带、亚热带常绿阔叶林，墨脱有分布。

二、兽类

熊猴：国家一级保护动物，栖于900～3500米的亚热带常绿阔叶林、针阔混交林，林芝、波密、墨脱有分布。

猕猴：国家二级保护动物，栖于2000～4200米的阔叶林、针阔混交林。

豚尾猴：国家二级保护动物，栖于1300米以下茂密林内。墨脱有分布。

长尾叶猴：国家一级保护动物，栖于2800米以下的雨林、常绿阔叶林，墨脱有分布。

白眉长臂猿：国家一级保护动物，栖息于1200米左右的雨林、常绿阔叶林，墨脱、下察隅有分布。

穿山甲：国家二级保护动物，栖息于1500米以下的热带、亚热带森林中，墨脱、下察隅有分布。

豺：国家二级保护动物，栖息于2500～3200米有林地中。

赤狐：国家二级保护动物，栖息于2000～5000米的森林、灌从、草甸地带。

藏狐：国家二级保护动物，栖息于3100～5200米的灌从草原、高寒草甸草原。

黑熊：国家二级保护动物，栖息于1000～4400米的针阔混交林、箭竹林内。

棕熊：国家二级保护动物，栖息于3500～5000米的针阔混交林、灌从草原、高寒草甸草原。

小熊猫：国家二级保护动物，栖息于1000～3800米的针阔混交林，箭竹林内。林芝、米林、波密、墨脱、察隅有分布。

石貂：国家二级保护动物，栖息于4000米左右的林区山地、多石沟壑地带。

黄喉貂：国家二级保护动物，栖息于3000米以下的常绿阔叶林、针阔混交林。

水獭：国家二级保护动物，栖息于河岸缘林木繁茂、水流缓慢、清澈的水域中。

大灵猫：国家二级保护动物，栖息于3000米以下森林中，察隅、波密、墨脱、林芝、米林有分布。

猞猁：国家二级保护动物，栖息于3500～5000米以下森林草原地带。

丛林猫：国家二级保护动物，栖息于2500以下的常绿阔叶林、灌丛、林缘，墨脱有分布。

金猫：国家二级保护动物，栖息于3100米左右的森林地带，林芝、米林、察隅、朗县有分布。

豹猫：国家二级保护动物，栖息于3600米以下的林区、灌丛、草原。波密、察隅、墨脱、林芝有分布。

云豹：国家一级保护动物，栖息于1600～3000米的常绿林中，察隅、墨脱有分布。

豹：国家一级保护动物，栖息于2000～3500米的森林地带，察隅、墨脱、波密有分布。

虎：国家一级保护动物，栖息于2000米左右的阔叶林、针阔混交林、灌丛、蒿草丛中，墨脱、察隅有分布。

雪豹：国家一级保护动物，栖息于3000～5300米的高山草甸、灌从、林缘。

林麝：国家二级保护动物，栖息于1600～3900米的森林地带。

马麝：国家二级保护动物，栖息于3000～5200米林线以上的灌丛中。

白唇鹿：国家一级保护动物，栖息于3500～5200米林线以上的灌丛和高山草原中。

毛冠鹿：国家二级保护动物，栖息于1000～3600米的常绿阔叶林、针阔叶林中。

赤鹿：国家二级保护动物，栖息于2600米以下的针阔叶林、林缘灌丛中。

扭角羚：国家一级保护动物，栖息于2000～4500米的亚热带森林中。

鬣羚：国家二级保护动物，栖息于4200以下的亚热带、温带森林中。

赤斑羚：国家一级保护动物，栖息于1500～4000米的森林地带。

岩羊：国家二级保护动物，栖息于3000～6000米的高山草地、多裸岩地带。

高原兔：国家三级保护动物，栖息于2000～5200米的草原、灌丛地带。

三、爬行类

蟒：国家一级保护动物，栖息于1500米以下的热带、亚热带森林中，下察隅、墨脱分布。

林芝哺乳类动物有7目20科60属94种。

林芝鸟类有18目、47科、174属、315种。

林芝两栖类动物有32种。

林芝爬行类动物有43种。

林芝鱼类4科、15属、24种。