林芝已知高等植物有261科、1327属、4817种（含变种），其中苔藓类植物52科、181属、480种，蕨类植物40科、107属、429种，裸子植物7科、15属、36种，被子植物162科、1024属、3872种。此外，大型真菌植物43科、169属、686种，其中食用菌240种，药用菌180种，毒菌80种，木腐菌70种，外生菌根菌180种。

杪椤(杪椤科)、巨柏(柏科)、云南红豆杉(红豆杉科)、穗花杉(红豆杉科)、长蕊木兰(木兰科)属国家一级保护植物，海南粗榧(三尖杉科)、澜沧黄杉(松科)、油麦吊云杉(松科)、水青树(木兰 科)、星叶草(毛莨科)、云南黄莲(毛莨科)、婆罗双(龙脑香科)、四数木(四数木科)、西藏延龄草(百合科)、心叶瓶尔小草(瓶尔小草科)、瓶尔小草(瓶尔小草科)、楠木(樟科)、樟树(樟科)、松口蘑(口蘑科)、虫草(麦角菌科)、红棒(楝科)、长喙厚朴(木兰科)、千果榄仁(使君子科)属国家二级保护植物。

林芝是自治区重要药材产区之一，有药用植物1000余种，常见药用植物有贝母、大黄、雪莲花、雪山一枝蒿、黄芪、党参、小檗、当归、天麻、丹皮、防风、柴胡、冬虫夏草等，常年收购量平均在2万公斤左右。

林芝是野生花卉主要产区之一，有杜鹃、海棠、桃、木兰、绣线菊、蔷薇、金露梅、百合、丁香、报春、龙胆、绿绒蒿、兰花、 景天、鸢尾、石榴、木瓜等几百种花卉植物。

林芝也是自治区重要食用菌产区之一，食用菌种类有猴头、木耳、金耳、松茸、牛肝菌、肉齿菌、红菌等，其中松茸分布广，产量大，产品远销东亚和沿海地区。